Internet a bioinformatika

Kód předmětu: MC250P07B

Rozsah: 2 hodiny přednášky + 1 hodina cvičení (spojeno v jedno tříhodinovku, cvičení a přednáška se prolíná)

Ukončení: Zkouška

Kredity: 3

Anotace:

Předmětem tohoto kurzu je Internet a služby, které jsou důležité pro chemiky a především biochemiky. Studenti budou seznámeni se základními Web-prohlížeči, způsobem tvorby záložek, prací s poštou a news, a dále technikou tvorby jednoduchých webovských stránek. Potom budou předvedeny procvičeny vyhledávače a chemické servery. Následující výuka bude zaměřena na databáze literárních odkazů, Medline a WOS, a bude probrán způsob vyhledání potřebných literárních zdrojů v knihovnách a v on-line časopisech nabízejících celé texty. Studentům budou představeny proteinové databáze a předvedeno např. vyhledávání proteinových sekvencí, příbuzností proteinů, sekvenčních alignmentů a řada predikčních služeb. Kurz bude ukončen databázemi 3D struktur makromolekul a 3D prohlížeči. Speciální pozornost bude věnována prohlížeči Swiss PDB viewer, který bude detailně procvičen. Doporučenou literaturou jsou operační manuály jednotlivých programů. Zkouška bude praktická, při níž studenti prokáží schopnost použít probíranou látku pro řešení zadaného problému.

Sylabus

1. Internet, webový prostor, prohlížeče webových stránek

2. Přenosové protokoly, síťové služby (news)

3. Vyhledavače - databáze, fulltext, roboti, centrály - syntaxe dotazu

4. Chemické servery - časopisy, databáze, nomenklatura, chemikálie, zastoupení firem

5. Literární databáze - WOS, Medline

6. Knihovny a vstup do plných textů článků

7. Bioinformatika - nomenklatura, metabolické dráhy, proteinové databáze, vyhledání sekvencí proteinů

8. Práce se sekvencí aminokyselin - predikční služby, alignmet sekvencí

9. Databáze 3D struktur makromolekul

10. Prohlížeče 3D struktur (animace, mutace, torze, export)

Studijní materiály

https://uk-biochemie.webnode.cz/internet-a-bioinformatika2/

Doporučená literatura

nápověda k Internetu

Help jednotilvých programů